环境保护设施中的“三同时”制度指的是，环境保护设施与主体工程（）

C项：根据《建设项目环境保护管理条例》第十八条的规定，建设项目的主体工程完工后，需要进行试生产的，其配套建设的环境保护设施必须与主体工程同时投入试运行。因此C项表述错误。

A项：根据《建设项目环境保护管理条例》第十六条的规定，建设项目需要配套建设的环境保护设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投产使用。因此，A项表述正确。

B项：环境保护“三同时”制度在国务院制定的《建设项目环境保护管理条例》中予以规定，是建设项目环境保护法律制度的重要组成部分。因此B项表述正确。

D项：根据《建设项目环境保护管理条例》第二十条的规定，建设项目竣工后，建设单位应当向审批该建设项目环境影响报告书、环境影响报告表或者环境登记表的环境保护行政主管部门，申请该建设项目需要配套建设的环境保护设施竣工验收。因此D项表述正确。

本题为选非题，综上所述，本题的正确答案为C。