产业组织理论是在围绕解决（）的核心问题上产生和发展的。

产业组织和产业结构两大部分具有不同的理论渊源，在不同地区呈现出不同的发展态势。
产业组织理论可追溯到亚当〃斯密、阿尔弗雷德〃马歇尔、张伯伦、罗宾逊夫人等。梅森及弟子贝恩等人完整地提出了结构——行为——绩效分析范式，标志着传统产业组织理论体系的最终形成。在哈佛学派名满天下的同时，芝加哥大学的一群学者形成了有别于哈佛学派的产业组织理论。二十世纪70年代后，引入博弈论逐渐形成了旨在分析企业策略性行为的“新产业组织理论”（NIO）。
产业结构理论可追溯到威廉〃配第，逐渐形成了产业结构演进理论、产业关联理论、产业布局理论、产业集群理论等。

产业组织理论的第一次研究高潮开始于二十世纪三十年代未。1938年，梅森教授（Mason）在哈佛大学建立了第一个产业组织理论研究机构——梅森联谊会，并将以往对产业组织问题的研究从偏重于垄断和反垄断扩大到整个市场和厂商的分析上。1939年梅森出版的《大企业的生产价格政策》提出了产业组织的理论体系和研究方向，从而为产业组织理论体系的最终形成奠定了坚实的基础。1959年，梅森的弟子贝恩（J.Bain）出版了第一部系统论述产业组织理论的教科书——《产业组织理论》，完整地提出了结构（Structure）——行为（Behavior）——绩效（Performance）分析范式，即强调市场结构决定企业的市场行为，而在一个给定的市场结构下，市场行为又是市场绩效的决定因素。SCP理论范式标志着传统产业组织理论体系的最终形成，由于以梅森、贝恩为代表的现代产业组织理论研究基本是以哈佛大学为中心展开的，因此该学派被称为哈佛学派。
芝加哥学派在理论上继承了奈特以来芝加哥传统的经济自由主义思想和社会达尔文主义，信奉自由市场经济中竞争机制的作用，相信市场力量的自我调节能力，认为市场竞争过程是市场力量自由发挥作用的过程，即所谓的优胜劣汰的过程。因此，他们强调新古典学派的价格理论在实际产业活动分析中的适用性，坚持认为产业组织及公共政策仍然应该从价格理论的视角来展开研究，从而与哈佛学派在方法论上形成鲜明的对比。
二十世纪70年代后，以泰勒尔、克瑞普斯等人为代表的经济学家将博弈论引入产业组织理论的研究领域，用博弈论的分析方法对整个产业组织理论的理论体系进行了改造，逐渐形成了旨在分析企业策略性行为的“新产业组织理论”（NIO）。新产业组织理论在寡占市场竞争者的战略相互作用研究中取得了很大的进展，将研究领域拓宽到（1）短期价格竞争；（2）长期的价格竞争和默契合谋；（3）产品差异化；（4）进入壁垒与进入阻止；（5）声誉、限制性定价与掠夺性定价问题；（6）技术进步与市场结构的动态演变等方面的内容，并取得了大量的研究成果。