下列情形应当认定为强奸罪的是（）。

组织、领导、参加恐怖组织罪是指策划组织、领导或者参加恐怖活动组织的行为。该罪是一个行为犯，行为人只要具有组织、领导、参加恐怖活动组织的行为，就构成组织、领导、参加恐怖组织罪，如果组织、领导、参加恐怖活动组织之后，又从事暗杀、绑架、放火、爆炸、劫持交通工具等其他犯罪行为的，应当数罪并罚。A选项错误。劫持航空器是指以暴力、胁迫或者其他方法劫持航空器的行为。在劫持并控制航空器以后，又实施滥杀无辜、强奸妇女等犯罪行为，应当以劫持航空器罪与所实施的犯罪数罪并罚。B选项错误。甲等人实施的强奸行为，与劫持航空器罪，没有任何通常的牵连关系，因此应当单独评价强奸行为，应当认定为组织、领导恐怖组织罪、劫持航空器罪、强奸罪，数罪并罚。C选项正确。行为人以杀人、伤害、损坏航空器等方法劫持航空器的，其犯罪的暴力方法中已经包含了这些内容，这些犯罪与劫持航空器罪具有通常的牵连关系，应当仅评价为劫持航空器罪一罪。甲等人通过实施故意杀人的行为，排除反抗，达到控制航空器的行为，被劫持航空器罪所包含，无需单独评价，因此D选项错误。