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从法律制度的角度看，二者主要存在下述区别：
（1）确立、适用的法律依据不同。世界贸易组织多边法律制度的基础是《世界贸易组织协定》，这是一个永久性的协定；而适用前《关税与贸易总协定》的依据则是1947年签署的《关税与贸易总协定临时适用议定书》（PPA），该议定书已被1994年关税与贸易总协定废除。
（2）约束力度不同。世界贸易组织在实质意义上不允许成员对世界贸易组织规则作出保留或偏离世界贸易组织规则，各成员的国内立法应与世界贸易组织规则保持一致，国内法的规定不应成为不履行世界贸易组织义务的理由；而在关税与贸易总协定制度下，《关税与贸易总协定临时适用议定书》则明确允许在不违反现有国内立法的范围内最大程度地适用《关税与贸易总协定》的第二部分（被称为祖父条款或祖父权利），国内法的规定可以成为不履行有关义务的借口。
（3）法律框架的结构不同。世界贸易组织多边法律制度是一个完整的统一制度，对所有的成员都有约束力，成员不得有选择地参加协议（极少数成员参加的附件4中的诸边协议除外），各成员承担的义务是相同的；在关税与贸易总协定框架下，各协议间是相互独立的、分散的，不同缔约方受不同协议的约束，不同的协议有不同的参加方，不同参加方间的权利义务有可能是不同的。
（4）调整范围不同。世界贸易组织既调整货物贸易.又凋整服务贸易，还调整与贸易有关的知识产权，它所调整的货物贸易还包括了纺织品贸易和农产品贸易。而以前的关税与贸易总协定只调整货物贸易，但又不包括纺织品贸易，对农产品贸易的调整也缺乏强有力的约束。