挂牌时直接进入创新层的公司，在申请挂牌时应采用做市转让方式。

Ⅰ、Ⅱ两项正确，《全国中小企业股份转让系统挂牌公司分层管理办法》第10条规定，全国股转公司根据分层标准及维持标准，于每年4月30日启动挂牌公司所属层级的调整工作。基础层的挂牌公司，符合创新层条件的，调整进入创新层；不符合创新层维持条件的挂牌公司，调整进入基础层。全国股转公司可以根据分层管理的需要，适当提高或降低挂牌公司层级调整的频率。
　　Ⅲ项正确，第11条第1款规定，全国股转公司正式调整挂牌公司层级前，在全国股转系统官网公示进入基础层和创新层的挂牌公司名单。挂牌公司对分层结果有异议或者自愿放弃进入创新层的，应当在3个转让日内提出。全国股转公司可视异议核实情况调整分层结果。
　　Ⅳ项正确，是属于第7条第2项禁止情形，挂牌公司或其控股股东、实际控制人，现任董事、监事和高级管理人员因信息披露违规、公司治理违规、交易违规等行为被中国证监会及其派出机构采取行政监管措施或者被采取行政处罚，或者正在接受立案调查，尚未有明确结论意见，不得调整进入创新层；
　　Ⅴ项错误，第12条第3项规定，挂牌公司不符合创新层公司治理要求且“持续时间”达到3个月以上的，自该情形认定之日起20个转让日内直接调整至基础层。
　　故Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ项正确，选C。

《全国中小企业股份转让系统挂牌公司分层管理办法（试行）》第14条规定，全国股转公司正式调整挂牌公司层级前，在全国股转系统官网公示进入基础层和创新层的挂牌公司名单。挂牌公司对分层结果有异议或者自愿放弃进入创新层的，应当在3个转让日内提出。全国股转公司可视异议核实情况调整分层结果。层级调整期间，挂牌公司出现本办法第七条第三项或者第十五条规定情形的，不得调整进入创新层。
第七条第三项规定，根据第六条的规定进入创新层的挂牌公司，最近12个月不存在以下情形：
①挂牌公司或其控股股东、实际控制人，现任董事、监事和高级管理人员因信息披露违规、公司治理违规、交易违规等行为被全国股转公司采取出具警示函、责令改正、限制证券账户交易等自律监管措施合计3次以上的，或者被全国股转公司等自律监管机构采取了纪律处分措施。
②挂牌公司或其控股股东、实际控制人，现任董事、监事和高级管理人员因信息披露违规、公司治理违规、交易违规等行为被中国证监会及其派出机构采取行政监管措施或者被采取行政处罚，或者正在接受立案调查，尚未有明确结论意见。
③挂牌公司或其控股股东、实际控制人，现任董事、监事和高级管理人员受到刑事处罚，或者正在接受司法机关的立案侦查，尚未有明确结论意见。

Ⅰ、Ⅳ两项，《全国中小企业股份转让系统股票转让方式确定及变更指引（试行）》第5条规定，股票挂牌时拟采取做市转让方式的，应当具备以下条件：①2家以上做市商同意为申请挂牌公司股票提供做市报价服务，且其中一家做市商为推荐该股票挂牌的主办券商或该主办券商的母（子）公司；②做市商合计取得不低于申请挂牌公司总股本5％或100万股（以孰低为准），且每家做市商不低于10万股的做市库存股票；③全国股份转让系统公司规定的其他条件。Ⅱ项，《全国中小企业股份转让系统股票转让细则（试行）》第37条规定，投资者买人的股票，买入当日不得卖出；做市商买入的股票，买入当日可以卖出。全国股份转让系统公司另有规定的除外。第68条规定，做市商当日从其他做市商处买入的股票，买入当日不得卖出。Ⅲ项，《全国中小企业股份转让系统股票转让细则（试行）》第58条规定，做市商证券自营账户不得持有其做市股票或参与做市股票的买卖。

Ⅰ、Ⅱ两项，《全国中小企业股份转让系统挂牌公司分层管理办法（试行）》第13条规定，全国股转公司根据分层标准及维持标准，于每年5月最后一个交易周的首个转让日调整挂牌公司所属层级（进入创新层不满6个月的挂牌公司不进行层级调整）。基础层的挂牌公司，符合创新层条件的，调整进入创新层；不符合创新层维持条件的挂牌公司，调整进入基础层。Ⅲ项，第14条第1款规定，挂牌公司对分层结果有异议或者自愿放弃进入创新层的，应当在3个转让日内提出。即挂牌公司可以自愿放弃入创新层。Ⅳ项，第14条第2款规定，层级调整期间，挂牌公司出现本办法第7条第3项或者第15条规定情形的，不得调整进入创新层。Ⅴ项，应是持续时间达到3个月以上。